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http://repositorio.ufgd.edu.br/jspui/handle/prefix/4956
Tipo: | Trabalho de Conclusão de Curso |
Título: | Diversidade de bactérias do ciclo do nitrogênio em amostras de solo sob diferentes manejos agrícolas e mata nativa |
Título(s) alternativo(s): | Diversity of nitrogen cycle bacteria in soil samples under different agricultural management and native forest |
Autor(es): | Rocha, Anderson de Carvalho |
Primeiro Orientador: | Pereira, Rodrigo Matheus |
metadata.dc.contributor.referee1: | Lourente, Elaine Reis Pinheiro |
metadata.dc.contributor.referee2: | Silva, Fabiana Gomes da |
Resumo: | O ciclo do nitrogênio é composto por sucessões de processos metabólicos realizados por diversas bactérias de vida livre e simbionte capazes de transformar o nitrogênio gasoso (N2) em formasassimiláveis pelas plantas. A fixação biológica do nitrogênio é a principal responsável por suprir as necessidades de nitrogênio das plantas. Nesse sentido, este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade de bactérias do ciclo do nitrogênio de quatro amostras de solo com diferentes manejos agrícolas e uma amostra de solo de mata nativa, por meio de ferramentas de bioinformática para análise do DNA metagenômico total. As amostras de solo foram coletadas na região do município de Dourados (MS), na fazenda da Embrapa Agropecuária Oeste. Após a extração foi feito um sequenciamento total do DNA por meio da tecnologia de sequenciamento WGS (Whole Genome Shotgun) pela plataforma Illumina Hiseq 2500 gerando um total de 460.236 ORFs, os dados para análises de bioinformática utilizados neste trabalho foram obtidos em um trabalho anterior. Os dados obtidos pelo sequenciamento das amostras de solo foram exportados para a plataforma MG Rast e foram feitas comparações contra o banco de dados Refseq, as sequências relativas a bactérias pertencentes ao ciclo do nitrogênio foram analisadas no programa STAMP. As análises foram feitas de alguns dos principais gêneros de bactérias presentes no ciclo do nitrogênio sendo eles os gênerosAzorhizobium, Bradyrhizobium, Mesorhizobium, Methylobacterium, Nitrobacter, Rhizobium e Sinrhizobium. Com os resultados gerados pelo MG-Rast verificou-se a ocorrência de todas as bactérias analisadas em todas as amostras de solo, no total foram 43561 sequências de DNA encontradas sendo 2083 sequências referente ao gênero Azorhizobium, 17368 referente ao gênero Bradyrhizobium, 3050 referente ao gênero Mesorhizobium, 8616 referente ao gênero Methylobacterium, 5881 referente ao gênero Nitrobacter, 3480 referente ao gênero Rhizobium e 3079 referente ao gênero Sinorhizobium. Foram identificadas um total de 20 espécies de bactérias pertencentes aos gêneros analisados, a espécie Bradyrhizobium japonicum apareceu com maior proporção nas amostras analisadas. Foram identificadas 21 sequências referente a enzimas pertencentes ao ciclo do nitrogênio, esses resultados mostram que existe uma grande diversidade de bactérias do ciclo do nitrogênio em manejos agrícolas e mata nativa. |
Abstract: | The nitrogen cycle is a cycle composed of successions of metabolic processes carried out by various bacteria of free-life and symbionte capable of transforming gaseous nitrogen (N2) into assimilable forms by plants. The biological fixation of nitrogen is the main responsible for meeting the nitrogen needs of the plants. This work aimed to evaluate the diversity of these bacteria belonging to the nitrogen cycle in four samples of soil under different agricultural management and sample of native forest soil, through bioinformatics tools for analysis of total metagenomic DNA. Solo samples were collected in the region of the Municipality of Dourados (MS), at EMBRAPA Agropecuária West farm, a total DNA sequencing was done through the WGS sequencing technology (WHOLE GENOME SHOTGUN) by the ILLUMINA HISEQ 2500 platform generating a total of 460.236 ORFs, data for bioinformatics analyzes used in this work were obtained in a previous job. The data obtained by the sequencing of soil samples were exported to the MG-RAST platform and comparisons were made with Refseq databases for and KO (KEGG Orthology), the resulting sequences were analyzed in the Stamp program. The analyzes were made from the main genres of bacteria present in the cycle of nitrogen being them the genres azorhizobium, bradyrhizobium, mesorhizobium, methylobacterium, nitrobacter, rhizobium and sinrhizobium. With the results generated by the MG-RAST, the occurrence of all the bacteria analyzed in all soil samples, in total were 43561 sequences found being 2083 sequences related to the gender Azorhizobium, 17368 referring to the genus Bradyrhizobium, 3050 referring to the genus Mesorhizobium, 8616 referring to the genus Methylobacterium, 5881 concerning the genus Nitrobacter, 3480 referring to the genus, Rhizobium and 3079 referring to the Sinorhizobium genus. A total of 20 species of bacteria belonging to the genera analyzed, the species Bradyrhizobium japonicum appeared with a greater proportion in the samples analyzed. We identified 21 sequences referring to enzymes belonging to the nitrogen cycle, these results show that there is a great diversity of nitrogen cycle bacteria in agricultural management and native forest. |
Palavras-chave: | Fixação de nitrogênio Nitrogen fixation Metagenômica Metagenomics Preparação do solo Soil management |
CNPq: | CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOS |
Idioma: | por |
País: | Brasil |
Editor: | Universidade Federal da Grande Dourados |
Sigla da Instituição: | UFGD |
metadata.dc.publisher.department: | Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais |
Citação: | ROCHA, Anderson de Carvalho. Diversidade de bactérias do ciclo do nitrogênio em amostras de solo sob diferentes manejos agrícolas e mata nativa. 2021. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Biotecnologia) – Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais, Universidade Federal da Grande Dourados, Dourados, MS, 2021. |
Tipo de Acesso: | Acesso Aberto |
URI: | http://repositorio.ufgd.edu.br/jspui/handle/prefix/4956 |
Data do documento: | 2-Jun-2021 |
Aparece nas coleções: | Biotecnologia |
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