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http://repositorio.ufgd.edu.br/jspui/handle/prefix/1302
Tipo: | Dissertação |
Título: | Estudos genômicos aplicados ao melhoramento genético de bovinos |
Título(s) alternativo(s): | Genomic studies applied to bovine genetic improvement |
Autor(es): | Romero, Andrea Renata da Silva |
Primeiro Orientador: | Grisolia, Alexeia Barufatti |
metadata.dc.contributor.advisor-co1: | Siqueira, Fabiane |
metadata.dc.contributor.referee1: | Menezes, Gilberto Romeiro de Oliveira |
metadata.dc.contributor.referee2: | Borquis, Rusbel Raul Aspilcueta |
Resumo: | A busca por plantéis cada vez mais produtivos, tem conduzido ao uso de diferentes ferramentas, dentre elas, a utilização de marcadores moleculares no melhoramento genético. No entanto, como o custo da técnica de genotipagem ainda é considerado elevado, uma alternativa é a utilização da técnica de imputação (predição de genótipos não interrogados na genotipagem). Sendo assim, no primeiro capítulo desta dissertação, analisou-se genótipos de animais Nelore com o objetivo de avaliar o potencial da imputação de painéis 3K e 7K, ambos customizados. Para a imputação foi utilizado o programa FImput. Os painéis foram produzidos a partir de marcadores que passaram pelo controle de qualidade, considerando a distância entre marcadores e os de maior frequência alélica. Os resultados demonstraram que a utilização de painéis customizados para imputação de marcadores, pode ser aplicada para alcançar valores de pelo menos 90% de acurácia. A customização do painel 3K e 7K aliada à técnica de imputação pode contribuir para melhorar o custo-benefício do uso de estudos genômicos no melhoramento animal. No segundo capítulo, objetivou-se realizar um estudo de associação genômica ampla (GWAS), por meio de dados imputados de animais da raça Canchim, visando identificar genes associados aos fenótipos de comprimento de umbigo, pelagem e circunferência escrotal. O GWAS foi realizado utilizando inferência Bayesiana por meio do programa GenSel. Foram detectadas 31 regiões em associação com comprimento de umbigo, uma região para pelagem e quatro regiões relacionadas à CE. Nessas regiões foram identificados locos quantitativos (QTLs) e genes relacionados com as características estudadas. A identificação de genes e QTLs, previamente descritos na literatura, reforçam as evidências de associação. Esse conhecimento poderá contribuir para a compreensão da arquitetura genética envolvida na expressão desses caracteres em bovinos Canchim. |
Abstract: | The search for increasingly productive seedlings has led to the use of different tools, among them, the use of molecular markers in genetic improvement. However, since the cost of the genotyping technique is still considered high, an alternative is the use of the imputation technique (prediction of genotypes not interrogated in genotyping). Thus, in the first chapter of this dissertation, genotypes of Nellore animals were analyzed with the objective of evaluating the potential of imputation of 3K and 7K panels, both customized. For the imputation, the FImput program was used. The panels were produced from markers that passed the quality control, considering the distance between markers and those with higher allele frequency. The results demonstrated that the use of customized panels for imputation of markers can be applied to achieve values of at least 90% accuracy. The customization of the 3K and 7K panel together with the imputation technique can contribute to improve the cost-benefit of the use of genomic studies in animal breeding. In the second chapter, a broad genomic association study (GWAS) was carried out, using imputed data from Canchim animals, aiming to identify genes associated with navel length, coat and scrotal circumference phenotypes. GWAS was performed using Bayesian inference using the GenSel program. Thirty-one regions were found in association with umbilicus length, one coat region and four EC-related regions. In these regions, quantitative loci (QTLs) and genes related to the characteristics studied were identified. The identification of genes and QTLs, previously described in the literature, reinforce the evidence of association. This knowledge may contribute to the understanding of the genetic architecture involved in the expression of these characters in Canchim cattle. |
Palavras-chave: | Nelore (bovino) Melhoramento genético Genetic improvement Genômica Genomics Polimorfismo Polymorphism |
CNPq: | CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL |
Idioma: | por |
País: | Brasil |
Editor: | Universidade Federal da Grande Dourados |
Sigla da Instituição: | UFGD |
metadata.dc.publisher.department: | Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais |
metadata.dc.publisher.program: | Programa de pós-graduação em Biologia Geral/Bioprospecção |
Citação: | ROMERO, Andrea Renata da Silva. Estudos genômicos aplicados ao melhoramento genético de bovinos. 2017. 61 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Geral/Bioprospecção) – Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais, Universidade Federal da Grande Dourados, Dourados, MS, 2017. |
Tipo de Acesso: | Acesso Aberto |
URI: | http://repositorio.ufgd.edu.br/jspui/handle/prefix/1302 |
Data do documento: | 22-Fev-2017 |
Aparece nas coleções: | Mestrado em Biologia Geral/Bioprospecção |
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