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http://repositorio.ufgd.edu.br/jspui/handle/prefix/4147
Tipo: | Trabalho de Conclusão de Curso |
Título: | Análise do transcriptoma de Urochloa decumbens (Stapf) cv. Basilisk para a identificação de peptídeos antimicrobianos |
Autor(es): | Shirakawa, Karina Tamie |
Primeiro Orientador: | Pereira, Rodrigo Matheus |
metadata.dc.contributor.referee1: | Simionatto, Simone |
metadata.dc.contributor.referee2: | Vilela, Danielle Marques |
Resumo: | O objetivo do presente trabalho foi realizar a identificação de peptídeos antimicrobianos no transcriptoma de Urochloa decumbens cv. Basilisk utilizando ferramentas da Bioinformática, classificando os peptídeos antimicrobianos vegetais encontrados em famílias. Este trabalho visa fornecer informações sobre a espécie vegetal em análise e identificar os peptídeos antimicrobianos que possam ser utilizados como princípios ativos de fármacos ou como inseticidas, e em programas de melhoramento genético. O RNA foi extraído pela EMBRAPA Gado de Corte (Campo Grande, MS) e sequenciado pelo Beijing Genomics Institute, na China. O alinhamento dos transcritos únicos da planta foi realizado localmente utilizando o BLASTx pelo script BLASTall contra o banco de dados de peptídeos antimicrobianos CAMP. Os resultados foram organizados e analisados utilizando o MySQL, separando e contabilizando por taxonomia de origem, atividade antimicrobiana e família de peptídeos antimicrobianos. Do alinhamento obteve-se, inicialmente, 3.161 similaridades com 250 peptídeos antimicrobianos diferentes que, após a seleção manual, obteve-se 1.033 similaridades com 94 peptídeos antimicrobianos diferentes entre si. Os peptídeos antimicrobianos resultantes tinham principalmente atividade antibacteriana e antifúngica, pertencendo, principalmente, as famílias: taumatinas, snakins e defensinas, porém a maioria permaneceu como não definida pela classificação do CAMP. Os resultados obtidos demonstraram a diversidade do arsenal de defesa de U. decumbens cv. Basilisk. |
Palavras-chave: | Brachiaria decumbens Bioinformática Bioinformatics Reação de defesa das plantas Plant defense reactions |
CNPq: | CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS |
Idioma: | por |
País: | Brasil |
Editor: | Universidade Federal da Grande Dourados |
Sigla da Instituição: | UFGD |
metadata.dc.publisher.department: | Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais |
Citação: | SHIRAKAWA, Karina Tamie. Análise do transcriptoma de Urochloa decumbens (Stapf) cv. Basilisk para a identificação de peptídeos antimicrobianos. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Biotecnologia) – Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais, Universidade Federal da Grande Dourados, Dourados, MS, 2014. |
Tipo de Acesso: | Acesso Aberto |
URI: | http://repositorio.ufgd.edu.br/jspui/handle/prefix/4147 |
Data do documento: | 12-Dez-2014 |
Aparece nas coleções: | Biotecnologia |
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