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Campo DCValorIdioma
dc.contributor.advisor1Grisolia, Alexeia Barufatti-
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/4212280532558083pt_BR
dc.contributor.advisor-co1Matos, Márcia Cristina-
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5400758172024232pt_BR
dc.contributor.referee1Pereira, Rodrigo Matheus-
dc.contributor.referee1Latteshttp://lattes.cnpq.br/8155952045293310pt_BR
dc.creatorSilva, Lara Endres da-
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/6228633659436140pt_BR
dc.date.accessioned2020-09-23T12:48:48Z-
dc.date.available2020-09-23T12:48:48Z-
dc.date.issued2013-04-
dc.identifier.citationSILVA, Lara Endres da. Controle de qualidade de dados de SNP em bovinos da raça nelore. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Biotecnologia) – Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais, Universidade Federal da Grande Dourados, Dourados, MS, 2013.pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufgd.edu.br/jspui/handle/prefix/4167-
dc.description.resumoConsiderando-se a quantidade de dados gerados em paineis de alta densidade de SNPs, até mesmo uma baixa taxa de erro pode ser prejudicial para as análises. Deste modo, o objetivo deste trabalho foi salientar a importância do controle de qualidade para análise dos dados e gerar conhecimentos referentes às genotipagens de SNPs por meio de SNP-chip. O grupo amostral utilizado para gerar o banco de dados foi constituído por 96 fêmeas Nelore. O DNA foi extraído a partir de sangue periférico, em seguida submetido aos procedimentos de preparo para hibridização. As amostras foram aplicadas no chip e seguiu-se com os procedimentos, até que o mesmo fosse submetido ao equipamento de genotipagem. Para controle de qualidade excluiu-se marcadores com freqüência do alelo mínimo abaixo de 0,02%, call rate abaixo de 98% e marcadores que não se encontravam em equilíbrio de Hardy-Weinberg de p<1e-5 para o teste de Fisher. No controle de qualidade por amostra foram excluídas aquelas que tinham IBS acima de 95% e call rate menor que 90%. Por não atenderem aos critérios de call rate, 97.334 marcadores foram removidos, 188.762 por não atenderem aos critérios da freqüência do menor alelo e 2.509 por não se encontrarem em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Nenhuma amostra foi removida do conjunto de dados. De 742.909 SNPs que faziam parte do conjunto de dados iniciais, 333.574 foram removidos por meio do controle de qualidade, resultando no conjunto de dados de 409.335. Os parâmetros utilizados foram capazes de impedir a presença de marcadores e amostras não informativas no conjunto de dados, demonstrando a importância do controle de qualidade como etapa prévia nas análises de associação genômica.pt_BR
dc.description.provenanceSubmitted by Alison Souza (alisonsouza@ufgd.edu.br) on 2020-09-23T12:48:48Z No. of bitstreams: 1 LaraEndresdaSilva.pdf: 828432 bytes, checksum: 17eb278147c7798ca4d184e796eebe7d (MD5)en
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2020-09-23T12:48:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LaraEndresdaSilva.pdf: 828432 bytes, checksum: 17eb278147c7798ca4d184e796eebe7d (MD5) Previous issue date: 2013-04en
dc.description.sponsorshipFundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do Estado de Mato Grosso do Sul (FUNDECT)pt_BR
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal da Grande Douradospt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentFaculdade de Ciências Biológicas e Ambientaispt_BR
dc.publisher.initialsUFGDpt_BR
dc.rightsAcesso Abertopt_BR
dc.subjectControle de qualidadept_BR
dc.subjectQuality controlen
dc.subjectPolimorfismo de base únicapt_BR
dc.subjectSingle nucleotide polymorphismen
dc.subjectFrequência de alelopt_BR
dc.subjectAllele frequencyen
dc.subjectNelore (bovino)pt_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICASpt_BR
dc.titleControle de qualidade de dados de SNP em bovinos da raça nelorept_BR
dc.typeTrabalho de Conclusão de Cursopt_BR
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