A partir da criação da UFGD em 2005, deu-se origem a nove novas Faculdades, entre elas a FCBA. Esta assumiu os cursos de Ciências Biológicas, já existentes na UFMS, e implantou o curso de Gestão Ambiental. Em 2008 o advento do REUNI permitiu que a FCBA implantasse mais um curso: Biotecnologia. A criação do mesmo contribuiu com o desenvolvimento da UFGD e com a expansão do ensino público gratuito e de qualidade.

Em julho de 2005, através da Lei n° 11.153, foi instituído a criação da Fundação Universidade Federal da Grande Dourados - UFGD, por desmembramento da Fundação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul – UFMS. Neste processo, o Campus Universitário de Dourados, até então ligado a UFMS, foi totalmente integralizado a UFGD, a qual passou a gerir todos os cursos, patrimônios e pessoal do Campus de Dourados e do Núcleo Experimental de Ciências Agrárias.

A atual Universidade dividiu o campus em Faculdades, ficando cada uma responsável pelos cursos de suas respectivas áreas, além de ajudar a UFGD a implantar um projeto de expansão do ensino público na região, criando novos cursos e promovendo o melhoramento do ensino através da construção de novos prédios e investimentos em modernos equipamentos, contratação de Docentes e Técnicos Administrativos.